A estrutura curricular do programa é composta por disciplinas e atividades complementares que oferecem os fundamentos conceituais e metodológicos para a edificação de dissertações e teses consistentes e com relevância acadêmica, científica e social.
No mestrado o discente deve cursar duas disciplinas obrigatórias de área, quais sejam: Fundamentos Filosóficos e Epistemológicos da Geografia e Organização e gestão do território; uma disciplina específica da linha de pesquisa do discente e pode ser Dinâmicas e Políticas territoriais na Amazônia ou Dinâmicas das paisagens e usos dos recursos naturais na Amazônia. Deve cursar ainda cursar uma disciplina optativa, cuja lista encontra-se na plataforma Sucupira.
As atividades Complementares possibilitam ao discente diálogo com o orientador e interagir com o ensino de graduação.
Para o curso de mestrado elas compreendem: Estágio Docente; Seminário de Dissertação I; Seminário de Dissertação II; Submissão de Artigo; Qualificação de Mestrado; Defesa de Dissertação; Proficiência em língua estrangeira.
No curso de doutorado o discente deve cursar uma disciplina obrigatória, Fundamentos Filosóficos e Epistemológicos da Geografia, e uma disciplina específica da linha de pesquisa do discente que pode ser Dinâmicas e Políticas territoriais na Amazônia ou Dinâmicas das paisagens e usos dos recursos naturais na Amazônia. O discente deve ainda cursar uma disciplina optativa.
As atividades complementares do curso de doutorado compreendem: Estágio Docente; Elaboração de Paper Científico I; Elaboração de Paper Científico II; Crédito por publicação; Seminário de Qualificação de Tese; Tese de Doutorado; e Proficiência em língua estrangeira.